Божество известное под именем «Deus ex machina» и повелевающее пространством и временем, доживает свои последние дни. А так как мир не может существовать без своего бога, он погибнет вместе с Дэусом. По этой причине Дэус устраивает игру на выживание среди двенадцати незнакомых между собой людей. Последний выживший игрок займет его место. При этом дневник каждого из игроков превращается в «Дневник будущего» (яп. 未来日記 Мирай Никки?). Каждый такой дневник содержит записи, выглядящие так, как будто их написал сам владелец, но относящиеся к будущему. Например, если ранее игрок описывал в своем дневнике побеги, дневник будет предсказывать его будущие побеги от опасности. Однако, если дневник игрока пострадает, будущее игрока исчезнет, а от самого игрока не останется даже трупа.
История вращается вокруг первого и второго игроков, Юкитэру Амано и влюбленной в него Юно Гасай. Юкитэру нелюдим и имеет только двух воображаемых друзей — Дэуса и его помощницу, Мурумуру. Его дневник описывает всё что происходит вокруг Юкитэру и таким образом является наиболее информативным среди дневников. Вместе с тем, сам Юкитэру слаб и не может противостоять своим противникам. Поэтому его телохранителем становится Юно, чей дневник описывает все происходящее с её возлюбленным. Так или иначе, сюжет затрагивает три альтернативных реальности, созданные путешествиями во времени. Однако события разворачиваются в основном во втором мире.